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Les infections bactériennes résistantes aux antibiotiques sont décrites comme la prochaine pandémie par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Fréquentes chez les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), les bactéries responsables de ces infections, telles que les entérobactéries, ne disposent d’aucune autre option efficace. Des scientifiques du Broad Institute du MIT et de Harvard ont identifié 18 souches de bactéries capables d’éliminer les entérobactéries.
Ces micro organismes résistants aux antibiotiques, telles que les bactéries E. coli et Klebsiella, sont courantes dans les hôpitaux. Elles présentent la particularité de proliférer dans l’intestin des patients et provoquent des infections souvent difficiles à traiter. On les appelle infections nosocomiales. Certaines recherches suggèrent que les entérobactéries perpétuent également l’inflammation de l’intestin et l’infection via l’aide d’autres microbes.
Selon l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), 1 patient sur 18 présente ce type d’infection. Elle survient en moyenne dans les 48 heures qui suivent le début de l’hospitalisation.
"Certaines bactéries sont même dites "hautement résistantes émergentes" (BHRe), c’est-à-dire résistantes à quasiment tous les antibiotiques disponibles : les infections qui les impliquent sont donc particulièrement difficiles à traiter", précise l’Inserm sur son site.
"18 souches ont rétabli la résistance à la colonisation et atténue l’inflammation intestinale provoquée par Klebsiella et Escherichia chez les souris"
Pour parvenir à ces résultats, les chercheurs ont d’abord isolé 40 souches de bactéries présentes dans des échantillons de selles de cinq patients en bonne santé. Ensuite, avec ces prélèvements, les scientifiques ont traité des souris infectées par les bactéries E. coli et Klebsiella, les bactéries résistantes les plus fréquentes.
Ils ont observé des niveaux plus élevés de gluconate liés à une plus grande consommation par les entérobactéries. Cela suggère que ces micro-organismes transforment le gluconate en nutriment essentiel et contribuent à l’inflammation. "L'un des consortiums élaborés, comprenant 18 souches, a contrôlé efficacement les niches écologiques en régulant la disponibilité du gluconate, rétablissant ainsi la résistance à la colonisation et atténuant l'inflammation intestinale provoquée par Klebsiella et Escherichia chez les souris", soulignent les chercheurs dans l’étude.
La promesse d’un traitement efficace pour lutter contre l’antibiorésistance
Ces résultats suggèrent que les thérapies microbiennes pourraient modifier de manière bénéfique l’écologie de l’intestin et supprimer les infections bactériennes nocives avec moins d’effets secondaires que les traitements antibiotiques classiques.
Le principal défi pour les scientifiques est de parvenir à trouver un traitement efficace pour chaque patient, le microbiome étant spécifique à chaque individu et chaque MICI résultant d’une combinaison de bactéries spécifiques. Marie-Madlen Pust, chercheuse au Broad Institute et auteure principale de l’étude, note ainsi "qu’en dépit de plus de 20 années de recherche, les scientifiques commencent tout juste à comprendre comment définir les caractéristiques bénéfiques pour la santé du microbiome intestinal."
La lutte contre l’antibiorésistance est un objectif de santé publique majeur
En France, la surveillance de l’antibiorésistance dans les établissements de santé et en ville permet d’identifier les menaces émergentes, de mettre en place des actions correctrices et d’en suivre l’efficacité. Les chiffres de 2022 montrent que la consommation globale d’antibiotiques est en augmentation. Cependant, les chiffres de 2023 révélés par Santé Publique France début novembre indiquent une consommation en baisse de 3,3 % par rapport à 2022.
"Un des phénomènes les plus inquiétants concerne l’émergence de souches d’entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC). Ces enzymes détruisent les carbapénèmes, les antibiotiques utilisés en dernier recours dans les situations cliniques les plus graves. La diffusion des EPC favorise l’apparition d’infections face auxquelles les médecins se trouvent en situation d’impasse thérapeutique", observe l’Inserm.
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