Covid-19 : les malades portent en eux plusieurs variants à la fois

Selon une nouvelle étude parue en septembre 2022 au sein de la revue scientifique Plos Genetics, toute personne infectée par la Covid-19 serait en fait touchée par plusieurs variants.

Le séquençage du coronavirus chez un patient va retenir uniquement le variant majoritaire. C'est ainsi que les maladies ont pu savoir s'ils étaient victimes du variant Delta, Omicron, BA.5 etc... Or, en réalité, plusieurs autres variants minoritaires sont aussi présents dans l'organisme. Certains pourraient même devenir majoritaires après, indique l'étude.

Cette révélation est le fruit du travail des chercheurs de l’Université Case Western Reserve, dans l’Ohio (États-Unis).

Covid : les variants minoritaires sont ignorés par le séquençage

Pour arriver à cette découverte, les chercheurs ont étudié les séquences de SARS-CoV-2 présentes chez 254 patients. Ils ont mis en évidence une grande diversité génétique du virus pour chacun des patients. Un total de 1.096 positions de la séquence d’ARN du virus présentaient au moins une modification différente de celle dans la séquence majoritaire, dont 406 étaient observées dans plusieurs patients (75 d’entre elles chez plus de 10 patients).

Parmi ces 75 mutations alternatives les plus fréquentes, 30 n’étaient majoritaires chez aucun de patient. Concrètement : elles n’auraient pas été identifiées par le séquençage officiel, puisque ce dernier prend en compte uniquement la mutation la plus fréquente pour chaque patient. Ces mutations minoritaires sont ainsi ignorées par le séquençage.

Les variants minoritaires peuvent devenir "responsables des prochaines vagues épidémiques"

Selon les scientifiques, c'est un problème d’ignorer une grande partie des mutations minoritaires. Car elles peuvent potentiellement devenir majoritaires. C’est ce qui est arrivé avec le variant Delta, selon les résultats de cette étude.

Pendant la période dominée par le variant Alpha, le variant Delta était déjà détectable chez une partie des patients. Puis, plusieurs mois plus tard, ce variant a fini par prendre le dessus.

"Si on avait pris en compte ces séquences minoritaires, on aurait été moins pris au dépourvu par Delta, qui a entrainé une grande mortalité dans le monde entier. Ces variants génétiques observés à basse fréquence chez les personnes infectées peuvent être des indicateurs précoces de nouvelles souches qui pourraient devenir responsables des prochaines vagues épidémiques", résume Ernest Chan, directeur de bio-informatique à l’Institut de Biologie computationnelle de Cleveland de l’École de médecine de Case Western (USA), dans un communiqué.

Covid-19 : comment le virus mute-t-il ?

Il faut garder en tête que tous les organismes vivants ont leur propre patrimoine génétique sur une longue chaine moléculaire nommée ADN. Certains microbes, comme le coronavirus, sont constitués d'un matériel génétique appelée ARN, qui sert de modèle pour leur assemblage. Ce dernier déterminera comment le virus infecte et attaque son hôte.

La Covid-19 semble avoir une bonne affinité pour les cellules humaines. C'est d'ailleurs pour cette raison qu'un individu peut en être porteur sans développer des symptômes alarmants. Le virus peut passer inaperçu. Lorsque le virus se développe dans une nouvelle zone du monde peuplée par des humains aux caractéristiques physiologiques et immunitaires légèrement différentes de celles d'où il vient, on dit qu'il mute. Des mutations légères vont devoir s'opérer afin de permettre au virus de s'adapter à ces nouveaux hôtes. C'est ce phénomène qui explique l'apparition des variants.

Le virus s'est adapté à des hôtes tous distincts et à des populations différentes dans divers pays grâce à sa mutation. Et c'est par cette manière qu'il a pu contaminer autant de monde.