Microbiote : ces bactéries qui nous protègent

Bactéries, levures, champignons et même virus. Ces organismes microscopiques (ou micro-organismes) ne sont pas forcément néfastes ! Ensemble, regroupés dans des secteurs spécifiques, ils constituent ce que les scientifiques appellent le microbiote. Et l’humain en héberge plusieurs familles : le microbiote intestinal (longtemps appelé flore intestinale), le microbiote buccal, le microbiote vaginal, le microbiote pulmonaire, le microbiote mammaire, le microbiote cutané ou encore le microbiote de la sphère ORL.

À lui seul, le microbiote intestinal contient plus de 1 000 espèces de bactéries différentes, compte 10 fois plus de bactéries que le nombre de cellules du corps humain et pèse environ 2 kg.

D’où vient le microbiote ?

Chaque personne abrite un microbiote différent, qui est relativement stable dans le temps. Sa qualité dépend notamment de la diversité des espèces qu’il héberge. La constitution des microbiotes débute à la naissance, par une colonisation microbienne provoquée par les premiers contacts de bébé avec son environnement. Certaines pratiques telles que l’accouchement par voie basse et l’allaitement favorisent une plus grande diversité bactérienne chez l’enfant par transmission de micro-organismes du microbiote vaginal, intestinal, cutané et mammaire de la mère.

À l’inverse, une naissance par césarienne, une alimentation par lait maternisé, la prise répétée d’antibiotiques mais aussi le stress, le tabac et l’alcool semblent nuire à la diversité des microbiotes.

Déséquilibre du microbiote et maladies associées

Mais à quoi servent les microbiotes ? Ils jouent un rôle primordial dans le développement et la régulation du système immunitaire et protègent l’organisme contre les infections liées à des bactéries pathogènes. Et si le microbiote va mal, tout va mal : tout changement de la variété et de la diversité des micro-organismes contenus dans le microbiote constitue un déséquilibre, appelé dysbiose.

Les médecins associent depuis peu les dysbioses du microbiote à une plus grande vulnérabilité aux infections et à la survenue de divers troubles dont le syndrome de l’intestin irritable, les allergies, l’obésité, le diabète de type 2, la dépression, les douleurs des os et des muscles, la maladie de Crohn, l’autisme, le stress, les infections vaginales, les mycoses, les caries, les maladies parodontales, la mauvaise haleine ou encore diverses affections de la peau telles que la dermatite atopique, l’eczéma, le psoriasis et l’acné.

Comment prendre soin de son microbiote ?

Alors comment faire pour maintenir l’équilibre des microbiotes ? La solution réside en partie dans l’alimentation. Celle-ci doit contenir à la fois des probiotiques et des prébiotiques. Les probiotiques sont principalement des bactéries ou des levures vivantes et présentes dans le yaourt, le kéfir, la choucroute, le miso, les cornichons et dans certains fromages. Les prébiotiques, quant à eux, sont des composés non-digestibles mais consommés par les « bonnes » bactéries de l’intestin. On les trouve principalement dans l’oignon, l’ail, le brocoli, la betterave, le poireau, l’asperge, le riz, l’avoine, la banane, le salsifis, l’artichaut, la grenade, les herbes aromatiques ou encore les flocons d’avoine…

Mais dans le cas de dysbiose prononcée du microbiote, l’alimentation ne suffira pas. Il faudra mettre en place une médecine personnalisée pour moduler le microbiote. Cette médecine commence même à inclure, dans les cas les plus extrêmes, la technique médicale insolite de greffe de selles.