Covid-19 : il peut rester dans les poumons 18 mois après l’infection

Une à deux semaines après avoir contracté le Covid-19, le virus du SARS-CoV-2 devient généralement indétectable dans les voies respiratoires supérieures. Pour autant, cela ne signifie pas forcément que le virus n’est plus présent dans l’organisme. Ce sont les conclusions d’une équipe de chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA). Cette étude a été menée sur des cellules pulmonaires animales.

Persistance du SARS-CoV-2 : le rôle des réservoirs viraux

Cette étude, publiée le 2 novembre 2023 dans la revue scientifique Nature Immunology, montre que non seulement le SARS-CoV-2 peut rester jusqu’à 18 mois dans les poumons, mais que cela pourrait être lié à des défauts de l’immunité naturelle.

On appelle immunité innée ou naturelle l’immunité présente dès la naissance et qui “n’a pas besoin d’être apprise par exposition à un envahisseur”, explique le manuel MSD. Qui précise : “Elle apporte ainsi une réponse immédiate aux envahisseurs étrangers. Toutefois, ses composants traitent l’ensemble des envahisseurs étrangers de manière similaire. Ils ne reconnaissent qu’un nombre limité de substances d’identification (antigènes) sur les envahisseurs étrangers. Ces antigènes sont cependant présents sur de nombreux envahisseurs étrangers. Contrairement à l’ immunité acquise, l’immunité innée ne garde pas en mémoire ses rencontres, ne mémorise pas d’antigènes étrangers particuliers ni ne maintient sa protection contre de futures infections.”

Certains virus restent dans l’organisme de manière discrète et indétectable après avoir entraîné une infection. Ils sont présents dans ce qu’on appelle des “réservoirs viraux”. C’est notamment le cas pour le VIH, qui reste latent dans certaines cellules immunitaires et peut se réactiver à n’importe quel moment. Cela pourrait donc être également le cas pour le virus SARS-CoV-2, à l’origine du Covid-19.

Persistance du virus : elle est plus importante avec Omicron

Cette hypothèse avait été émise par les chercheurs de l’Institut Pasteur en 2021 et a donc été confirmée par leur étude parue le 2 novembre 2023. “Nous avons observé que l’inflammation persiste longtemps chez les primates ayant été infectés par le SARS-CoV-2. De ce fait, nous suspectons que cela est dû à la présence du virus dans l’organisme”, explique la cheffe du département VIH, inflammation et persistance à l’Institut Pasteur Michaela Müller-Trutwin.

Les scientifiques ont également découvert que la quantité de virus persistant dans les poumons était moins importante avec le variant Omicron qu’avec le virus originel. “Nous avons été vraiment surpris de trouver des virus dans certaines cellules immunitaires - les macrophages alvéolaires - après une période si longue et quand des tests PCR réguliers étaient négatifs”, ajoute Nicolas Huot, le premier auteur de l’étude, également chercheur au département VIH, inflammation et persistance de l’Institut Pasteur.